Bioinformatika (MSc)
Letölthető előadásjegyzet (diasorozat):
3. Algoritmusok és komplexitás
7. Divide and conquer algoritmusok
Szekvenciaadatok_meghatározása
Tematika:
1.
Tájékoztatás
A félévi tematika rövid áttekintése, a számonkérés
menetének megbeszélése. A bioinformatika története. A
bioinformatika tárgya, alkalmazási területei.
2.
Genetikai alapok
A genetikai örökítőanyag (DNS), kromoszóma
felépítése. Főbb RNS típusok. Replikáció,
transzkripció, transzláció. Gén, génexpresszió.
Fehérjék, fehérjék szerkezetének felépítése.
3. Algoritmusok és komplexitás
4. Keresőalgoritmusok (exhaustive search)
5. Mohó algoritmusok
6. Dinamikus programozási algoritmusok
7. Oszd meg és uralkodj (Divide and conquer) algoritmusok
8. Gráfalgoritmusok
9. Kombinatorikus mintaillesztés
10. Klaszterezés és fák
11. Rejtett Markov-mezők
12. Véletlen algoritmusok
13. Számonkérés
Irodalom:
ˇ Neil C. Jones, A. Pavel, A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004. http://bix.ucsd.edu/bioalgorithms/
ˇ T.K. Attwood, D.J. Parry−Smith: Introduction to bioinformatics. Addison−Wesley Longman 1999.
ˇ A.D. Baxevanis, B.F.F. Oulette: Bioinformatics. A practical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley Sons 1998.
ˇ D. Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor, 2001.
ˇ G.R. Grant, W.J. Ewens: Statistical Methods in Bioinformatics: An Introduction, Springer-Verlag, 2005.
ˇ P. Baldi, S. Brunak, S. Brunak: Bioinformatics: The Machine Learning Approach, Second Edition (Adaptive Computation and Machine Learning), MIT Press, 1998.
ˇ S. Letovsky: Bioinformatics: Databases and Systems, Springer-Verlag, 1999.
ˇ L.J. Heyer, A.M. Campbell, Genomika, proteomika, bioinformatika - CD-ROM melléklettel, Medicina (Budapest) kiadó (magyar nyelvű), 2004.
Követelmények
Vizsgakövetelmények:
Szakmai cikk választása (4 oldalas konferenciacikk, kiselőadás a cikkből, Implementáció: választott cikk feldolgozása).
Teljesítmény alapján jegymegajánlás vagy vizsga.
Tételsor
1. A genetikai örökítőanyag (DNS), kromoszóma felépítése. Főbb RNS típusok. Replikáció, transzkripció, transzláció. Gén, génexpresszió. Fehérjék, fehérjék szerkezetének felépítése.
2. Algoritmusok és komplexitás
3. Keresőalgoritmusok (exhaustive search)
4. Mohó algoritmusok
5. Dinamikus programozási algoritmusok
6. Oszd meg és uralkodj (Divide and conquer) algoritmusok
7. Gráfalgoritmusok
8. Kombinatorikus mintaillesztés
9. Klaszterezés és fák
10. Rejtett
Markov-mezők
1. Véletlen
algoritmusok