Tárgy: Bioinformatika
Oktató: Dr. Hajdu András
Kurzuskód: INMV315E
Félév: időszakonként
Típus: Előadás
Óraszám/hét: 2+0
Kredit: 4
Státusz: Választható
Vizsgáztatási módszer: Írásbeli/Szóbeli
Követelmények: A félév során a vizsgált témákhoz kapcsolódó
algoritmus implementálása, illetve alternatív lehetőségként zárthelyi
dolgozat a félév végén.
Fogadóóra: Szerda 10-12
Etikai elvárások:
A hallgatókkal kapcsolatos
etikai normákra A DEBRECENI EGYETEM ETIKAI KÓDEXE az
irányadó lsd.: http://www.unideb.hu/portal/hu/node/47
:A Debreceni Egyetem Etikai Kódexe (Vizsgakódex).
Az etikai normákat megsértők:
Nem kaphatnak érdemjegyet. A hallgató
neve az IK oktatói között nyilvánosságra kerül.
Tárgyleírás (hetek szerint):
1.
Tájékoztatás
2.
Genetikai alapok
3.
Algoritmusok és komplexitás
4.
Keresőalgoritmusok (exhaustive search)
5.
Mohó algoritmusok
6.
Dinamikus programozási algoritmusok
7.
Oszd meg és uralkodj (Divide and conquer)
algoritmusok
8.
Gráfalgoritmusok
9.
Kombinatorikus mintaillesztés
10.
Klaszterezés és fák
11.
Rejtett Markov-mezők
12.
Véletlen algoritmusok
13.
Approximáló algoritmusok
14.
Osztott bioinformatikai algoritmusok
15. Számonkérés
Ajánlott irodalom:
T.K. Attwood, D.J. Parry−Smith: Introduction
to bioinformatics. Addison−Wesley Longman 1999.
A.D.
Baxevanis, B.F.F. Oulette: Bioinformatics.
A practical guide to the analysis
of genes and proteins.
John Wiley Sons 1998.
D. Mount: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor,
2001.
G.R. Grant, W.J. Ewens: Statistical Methods in Bioinformatics:
An Introduction, Springer-Verlag,
2005.
P. Baldi, S. Brunak, S. Brunak: Bioinformatics:
The Machine Learning Approach, Second Edition (Adaptive Computation and Machine Learning), MIT Press, 1998.
S. Letovsky: Bioinformatics:
Databases and Systems, Springer-Verlag,
1999.
L.J. Heyer, A.M. Campbell, Genomika, proteomika, bioinformatika -
CD-ROM melléklettel, Medicina (Budapest) kiadó (magyar nyelvű), 2004.
NEIL C. JONES AND
PAVEL A. PEVZNER: AN INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS
ALGORITHMS, MIT Press, 2004. http://bix.ucsd.edu/bioalgorithms/